胚胎停止发育后是否能自然流产，需要根据具体情况进行判断。如果是在孕早期出现胚胎停止发育的情况，则可能会发生自然流产，但如果在孕中晚期发现胚胎停止发育，则可能不会发生自然流产。
1.会：若女性怀孕时间较短，在进行B超检查时可提示妊娠囊内无胎芽或胚芽搏动，且看不到原始心血管搏动，此时则考虑为胚胎已经停止发育。而一旦确诊为胚胎停止发育，其后续就会逐渐被机体吸收、消化，进而引起阴道出血的症状。因此对于此类情况引起的胚胎停止发育，通常会出现自然流产的现象。
2.不会：若是女性在孕中期或者孕晚期才出现胚胎停止发育的情况，并且后期孕妇遵医嘱应用黄体酮胶囊等药物进行治疗，以促进胎儿生长发育，但效果不佳的情况下，也可能不会发生自然流产。因为到孕晚期的胎儿体积较大，一般不容易排出体外，所以建议患者及时就医处理，如通过引产的方式终止妊娠。
由于导致胚胎停止发育的原因较多，比如染色体异常、母体感染性疾病以及男性精液质量问题等因素所致，所以当明确诊断为胚胎停止发育以后，还需要进一步做相关检查予以排除病因。同时还要加强生活护理，保持良好的心态，避免过度紧张和焦虑。
